METODOLOGÍA
EN BIOLOGÍA CELULAR Y MOLECULAR
Curso Optativo
Prof. Responsable: Antonio
Alcina Madueño
Prof. colaborador:
Fuencisla Matesanz del Barrio
Prof. colaborador: Cristina
Hernández de Munain
Nº Créditos: 3
OBJETIVOS
ESPECÍFICOS
En el curso “metodología
en biología molecular y celular” se imparten una serie de lecciones en las
que se destaca algún tipo de metodología haciendo hincapié en su aplicación
a la resolución de algún problema biomédico o básico. El curso lo imparten
una serie de investigadores y profesores especialistas en las diferentes
materias que se seleccionan cada año
y que tienen una demostrada experiencia en el tema. De esta manera, pretendemos
que los estudiantes se familiaricen con la metodología y diferentes abordajes
como herramientas para resolver o contestar de la mejor manera posible algún
problema conceptual o práctico.
PROGRAMA
ACADÉMICO
La lista de profesores y temáticas
que se presentarán en el curso 2007-8 está en desarrollo y se anunciará próximamente
en la web de la UGR. La lista de profesores invitados y los temas que se
presentaron en el curso anterior se pone aquí como ejemplo programa
desarrollado.
Prof.: Carles Suñé: csune@ipb.csic.es
Tema: Sistemas de
transcripción in vitro libre de células.
CARLOS JESUS CASARES JIMÉNEZ
Fong
YW, Zhou Q. Stimulatory effect
of splicing factors on transcriptional elongation.
Nature. 2001 Dec 20-27;414(6866):929-33.
VIRGINIA DE ARAUJO FARIAS
Adamson
TE, Shutt DC, Price DH.
Functional coupling of cleavage and polyadenylation with transcription of mRNA.
J Biol Chem. 2005 Sep 16;280(37):32262-71.
Prof.: Cristina Hernandez de
Munain: chmunain@ipb.csic.es
Tema: Metodología para el
estudio de la expresión génica in vivo
PIIA
HALMI
Visualization
of the earliest steps of gamma-delta T cell development in the adult thymus
(2006). Nature Immunology 7:995-1003.
ARIANNYS DEL VALLE
GONZALEZ FLORES
SATB1
packages densely looped, transcriptionally active chromatin for coordinated
expression of cytokines genes (2006). Nature Genetics 38:1278-1288.
Fuencisla Matesanz: lindo@ipb.csic.es
Tema:
Tipaje genético en enfermedad: Chips / Hapmap
DOROTHY NDAGIRE
Rioux
JD, Xavier RJ, Taylor KD, Silverberg MS, Goyette P, Huett A, Green T, Kuballa P,
Barmada MM, Datta LW, Shugart YY, Griffiths AM, Targan SR, Ippoliti AF, Bernard
EJ, Mei L, Nicolae DL, Regueiro M, Schumm LP, Steinhart AH, Rotter JI, Duerr RH,
Cho JH, Daly MJ, Brant SR. Genome-wide
association study identifies new susceptibility loci for Crohn disease and
implicates autophagy in disease pathogenesis.
Nat Genet. 2007 Apr 15; [Epub ahead of print]
EVA
SÁNCHEZ TOME
Miyamoto
Y, Mabuchi A, Shi D, Kubo T, Takatori Y, Saito S, Fujioka M, Sudo A, Uchida A,
Yamamoto S, Ozaki K, Takigawa M, Tanaka T, Nakamura Y, Jiang Q, Ikegawa S.
A functional polymorphism in the 5' UTR of GDF5 is associated with
susceptibility to osteoarthritis.
Nat Genet. 2007 Apr;39(4):529-33.
Prof.: Francisco Martínez-Abarca:
fmabarca@eez.csic.es
Tema: Avances biotecnológicos
basados en el metagenoma: análisis genómico de comunidades microbianas
complejas"
DIANA CARRANZA DOMINGUEZ
Turnbaugh
PJ, Ley RE, Mahowald MA, Magrini V, Mardis ER, Gordon JI. An
obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest.
Nature. 2006 Dec 21;444(7122):1027-31.
RAFAEL CARRETERO COCA
Ley
RE, Turnbaugh PJ, Klein S, Gordon JI.
Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity.
Nature. 2006 Dec 21;444(7122):1022-3.
Prof.:
Jordi Gomez: jgomez@ipb.csic.es
Tema:
Metodología en el estudio de y aplicaciones del RNA
MARIÉN COBO PULIDO
RNA fingerprinting. Methods
Enzymol. 1989;180:130-54
(este
artículo lo tiene Gordi)
Prof.: Antonio Alcina:
pulgoso@ipb.csic.es
Tema: Estudio del DNA y RNA
de células únicas: aplicaciones y metodología
ANA BELÉN GARCÍA RUANO
Sensi
M, Nicolini G, Petti C, Bersani I, Lozupone F, Molla A, Vegetti C, Nonaka D,
Mortarini R, Parmiani G, Fais S, Anichini A.
Mutually exclusive NRASQ61R and BRAFV600E mutations at the single-cell level in
the same human melanoma.
Oncogene. 2006 Jun 8;25(24):3357-64. Epub 2006 Feb 6.
LUIS MIGUEL GOMEZ OSORIO
Preiser
PR, Jarra W, Capiod T, Snounou G.
A rhoptry-protein-associated mechanism of clonal phenotypic variation in rodent
malaria.
Nature. 1999 Apr 15;398(6728):618-22.
METODOLOGÍA
Las clases incluirán las conferencias impartidas por los profesores invitados, seguido de un coloquio en el que se valorará la participación de los alumnos por las preguntas y comentarios realizados. Además de la asistencia, que será obligatoria y con control de firmas al final de cada seminario, será necesario presentar un tema de actualidad que refleje algún aspecto novedoso de la metodología que se trate ese día y que son, previamente al periodo del curso, adjudicados a cada alumno para su preparación con tiempo y expuestos en las clases. Puede apreciarse claramente el esquema general en el programa indicado anteriormente.
MÉTODOS DE EVALUACIÓN
Los
alumnos serán evaluados por la asistencia que, junto con la exposición oral
del tema que le toque, es un requisito imprescindible para aprobar (50%), por la
calidad y comentarios críticos realizados en las exposiciones orales de otros
compañeros o de los profesores invitados (20%) y por la calidad de la exposición
que hacen de su propio tema (30%).
CONOCIMIENTOS
Y HABILIDADES
El
alumno al final del curso deberá poseer conocimientos que les permita
comprender la forma de abordar temas de investigación, no necesariamente
directamente relacionados con su formación académica o su tema de investigación
particular, pero que le va a ayudar a la comprensión sistemática de la
biomedicina y el dominio de las habilidades y métodos de investigación
relacionados con dicha área. Aunque la biomedicina en general incluye problemas
o técnicas de base inmunológica en un elevado porcentaje, también está
abierta a enfoques de biología molecular, biología celular, biología de
sistemas, genómica y proteómica, que deberán ser comprendidos por los alumnos
al final del curso.
La posibilidad
de que los alumnos se comuniquen directamente con sus colegas, que ya han
realizado una investigación de calidad contrastada y que a menudo son expertos
mundiales en sus respectivas especialidades, permite a los mismos poner en
perspectiva su propia investigación y la forma en la que la están abordando.
El contacto directo con investigadores senior también facilita que los alumnos
puedan ser aceptados para trabajar en laboratorios punteros con el fin aprender
una determinada técnica o establecer colaboraciones más estables y que esas
nuevas habilidades les sean beneficiosas para su investigación futura.
BIBILOGRAFÍA
Antes del curso se adjudican a cada alumno los artículos que tienen que prepararse para entenderlo adecuadamente incluyendo la posibilidad de hablar con los profesores expertos para que pueden asesorarles y lleguen con las ideas maduras el día que les toque presentarlos. Un ejemplo de bibliografía se indica en el programa de año pasado, curso 2006-2007. De esta forma el alumno puede disponer a priori de la información necesaria para entender mejor lo que se va a exponer en cada conferencia.