Viven actualmente sobre la tierra más de 10.000.000 de tipos distintos de organismos vivos y seguramente una cantidad aun mayor se ha extinguido ya. El intento por poner orden a esta abrumadora diversidad dio origen a la sistemática. No debemos identificar el interés de conocer y ordenar los seres vivos con el progreso de la ciencia o la filosofía. El origen de las ciencias naturales está en el conocimiento y distinción entre lo nocivo y alimenticio, lo tóxico y lo medicinal.
La sistemática botánica es la ciencia que se encarga del estudio de la diversidad de las plantas, su identificación, nomenclatura, clasificación y evolución. Aunque estas disciplinas no parecen estar relacionadas, solamente desde la conjunción de estos conocimientos puede entenderse en la actualidad la ordenación del mundo vivo y en particular del mundo vegetal.
Junto al término sistemática con frecuencia se utiliza el de taxonomía; aunque en sentido estricto es difícil establecer una diferencia entre ambos conceptos -de hecho a menudo se usan como sinónimos- algunos autores consideran que la taxonomía es la ciencia que se encarga del estudio de la clasificación de los seres vivos.
En el desarrollo histórico de la botánica se han intentado distintos sistemas de clasificación
Los primeros intentos de clasificar los vegetales, inspirados en la filosofía creacionista que buscaban la ley universal que revelaba el plan de la creación y usaban un único carácter morfológico hoy los conocemos como sistemas artificiales.
Pronto los progresos en el conocimiento del mundo vegetal demostraron las limitaciones de estos sistemas, que fueron sustituidos sucesivamente por otros que trataban de reflejar las relaciones naturales entre los seres vivos. En los sistemas naturales sólo las plantas que se supone están relacionadas deben agruparse en una misma categoría.
La generalización de los postulados evolucionistas supuso una revolución en los conceptos utilizados para organizar los sistemas, que dejaron de buscar el reflejo de la creación para discernir el camino evolutivo de los seres vivos. En los denominados sistemas filogenéticos las especies se sitúan tanto más próximos entre si, cuanto mas cerca en el tiempo tengan un antecesor común. El problema es que es muy difícil reconstruir los pasos de la evolución por ello para construir las sistemáticas modernas se han seguido diferentes estrategias.
A partir de los conceptos filogenéticos se desarrolló la sistemática evolutiva en la que de una forma más o menos intuitiva, sin un método establecido y único, se trata de construir una clasificación que refleje, a la vez, el parecido y el parentesco. Los sistemas de clasificación construidos sobre esta base un tanto arbitraria son aparentemente muy coherentes pero no siempre reflejan las verdaderas relaciones de los organismos.
En la naturaleza los organismos no cambian a una velocidad constante por lo que táxones parecidos con frecuencia son más distantes que otros que aparentemente son diferentes. En el gráfico superior el organismo B es más parecido al C que al A aunque sea con este con el que tiene un parentesco más cercano.
Las clasificaciones actuales tratan de definir el grado de parentesco entre los táxones según la presencia o no de caracteres comunes, con independencia de su parecido, utilizando herramientas como la fenética y la cladística.
La fenética no proporciona información sobre las relaciones evolutivas entre las especies, pero con frecuencia las especies que se identifican mediante procedimientos fenéticos pueden posteriormente ordenarse mediante análisis cladísticos por lo que ambas herramientas no son excluyentes. Así la cladística actualmente se emplea para establecer las relaciones entre grupos de organismos, mientras que la fenética se usa para distinguir las agrupaciones discretas (de pequeño tamaño) que permiten establecer diferencias entre especies.
El método que sigue la cladística, actualmente aceptada como la principal herramienta para la reconstrucción filogenética, se basa en la valoración de los caracteres según su origen, diferenciando entre caracteres primitivos o pleisomórficos y derivados de los primitivos o apomórficos.
Los caracteres derivados (apomórficos) se consideran indicadores filogenéticos y son los que se utilizan para conocer el origen de la línea evolutiva de los táxones, ordenándolos en grupos más o menos amplios denominados clados.
Las ordenaciones que se obtienen mediante los métodos cladísticos, en la actualidad fundamentados casi siempre sobre secuencias de ADN y ARN, no tienen porqué reflejar parecidos morfológicos. Los cladogramas, con frecuencia, resultan aparentemente anárquicos si los comparamos con los sistemas de ordenación producidos por la sistemática evolutiva. Recuérdese que la semejanza y el parentesco no tienen porqué estar relacionados de forma biunívoca.