Normalmente se distingue entre metabolismo primario y secundario. El primero se refiere a los procesos fotosintéticos que dan lugar a los ácidos
carboxílicos del ciclo de Krebs que son de bajo peso molecular y que están ampliamente distribuidos, alfa-aminoácidos, carbohidratos, grasas,
proteínas y ácidos nucleicos implicados en los procesos vitales.
Estos compuestos se clasifican atendiendo a diferentes criterios, cumplen funciones muy diversas en los seres vivos y tienen diferentes capacidades
como materiales de partida (precursores) para los metabolitos secundarios. Los metabolitos secundarios son, en principio, no esenciales para la vida pero
contribuyen definitivamente a la adaptación de las especies y su supervivencia. Son más característicos para un grupo biológico particular, tal como una familia
o un género, y aparentemente, la maquinaria sintética puesta en juego aquí está relacionada con la evolución de las especies.
El patrón específico de constituyentes en las especies ha sido, de hecho, usado para la determinación sistemática.
Este campo de investigación, llamado sistemática bioquímica o quimiotaxonomía, ha tenido un interés creciente durante las últimas décadas.
La Química de Productos Naturales se entiende hoy día como aquella que se dedica principalmente a la formación, estructura y propiedades de
los productos naturales. No obstante, no hay una línea divisoria clara entre metabolitos “bioquímicos” primarios y metabolitos secundarios.
Los azúcares más comunes como, glucosa, fructosa y manosa, cuya química y misión biológica han sido estudiadas ampliamente por los bioquímicos,
se colocan en el primer grupo, mientras que azúcares, raros estrechamente relacionados, tales como calcosa, estreptosa, y micaminosa,
descubiertos como constituyentes de antibióticos e investigados por químicos orgánicos, se consideran como metabolitos secundarios.
El aminoácido prolina se entiende como un metabolito primario pero el análogo de 6 miembros, ácido pipecólico, que está también ampliamente distribuido,
se clasifica como un metabolito secundario o un alcaloide.
