Tras la fecundación el primordio seminal se transforma en una semilla generando las cubiertas externas protectoras, el tejido de reserva y el embrión.
La testa o cubierta exterior de la semilla se produce a partir de los tegumentos que se transforman y endurecen para producir una envuelta más o menos complicada sólo interrumpida por un pequeño poro (micropilo) por donde suele emerger la radícula del embrión durante la germinación. Algunas semillas producen excrecencias o cubiertas carnosas (arilo) que pueden originarse a partir del funículo o pedúnculo del óvulo.
El embrión es producto del desarrollo del cigoto está formado por un eje o plúmula con dos polos de crecimiento: el polo apical contiene una pequeña yema (gémula) que tras la germinación dará lugar al brote de la nueva planta; el polo basal (radícula) será el encargado de producir la raíz. Sobre el eje del embrión se disponen los cotiledones u hojas embrionarias.
El albumen es la sustancia de reserva, necesaria para que el embrión comience a desarrollarse, está presente en casi todas las semillas, y generalmente está formada por hidratos de carbono, lípidos y proteínas. En algunas semillas el tejido de reserva se digiere por el embrión y se acumula en el interior de los cotiledones (semillas sin endospermo).