3. Alteraciones a nivel de metabolitos
Se incluyen en este mecanismo aquellos tóxicos que interfieren el metabolismo intermediario de la célula de dos formas:

1. originando una deficiencia en algunos metabolitos esenciales para el funcionamiento celular ("déficit genuino").
2. sustitución de ciertos metabolitos en una cadena metabólica originando un bloqueo en un proceso denominado "síntesis letal".

Algunos ejemplos dentro de este grupo son:

• etionina: análogo del aminoácido metionina, que genera una deficiencia de ATP hepático.
• etanol: consecuencia de su metabolismo origina una deficiencia de NAD+.Se eleva por tanto el cociente NADH/NAD+, lo cual tiene numerosas consecuencias clínicas.
• fluoracetato: produce un bloqueo del ciclo de Krebs (ver esquema en hipervínculo).
• fluorouracilo